Bom dia Isaac,
Piso de mármore / pisos frios são completamente lisos, isso significa que não têm absorção nenhuma, todo som que bate nele irá ser refletido, aumentando assim a reverberação.
Já o carpete tem alto coeficiente de absorção, ou seja, diminui consideravelmente a reflexão sonora.
Como você mesmo disse, se trocar para piso cerâmico, a sua igreja vai entrar pro mesmo time das outras igrejas que você visitou e tinham problemas de acústica em decorrência do piso.
Na minha igreja temos um problema assim, a muito tempo atrás, o altar era com piso em carpete, a liderança resolveu trocar e colocou marmore. Ficou lindo, porém nada funcional.
Tem que haver um equilíbrio entre forma e função, não adianta ser o piso mais lindo do mundo, se não for funcional, se prejudicar a sonoridade.
Acredite, as pessoas vão reparar muito mais em um som ruim do que no piso.