De fato, e é recomendado se conseguir uma resposta plana ajustando os níveis das vias do crossover, é o uso do equalizador é indicado o uso e alteração no equalizador caso não seja possível alcançar uma resposta plana com o crossover, é claro que isso depende de outros fatores como amplificadores utilizado( sensibilidade de entrada, potência do canal na respectiva resistência) e o falante( potência admissivel, sensibilidade), em sistemas multivias é utilizado processadores, que geralmente possuem crossover e equalização no mesmo equipamento, mas se já possue os equipamentos não faz sentido não usa-los, agora se conseguir uma resposta plana com o crossover aproveite o eq para uma outra função.
Abraço.