Eliezer caso teu sub tenha processamento interno a caixa mesmo irá cortar as frequências. Porém, se não tiver processamento interno use um crossover ou um gerenciador de áudio.
Se tiver um gerenciador, crossover ou a caixa processamento interno você pode tirar da saída master e mandar pro periféricos e fazer os cortes ou mandar pro sub direto e depois com os cortes destes para as altas.