Varia muito. Do ponto de vista do timbre, em geral soa melhor microfonando o amp do instrumento, quando o amp e o instrumento (e obviamente o microfone) são de boa qualidade.
Mas há alternativas. Há amps que simulam o som microfonado através da saída de linha, por exemplo. Ou pedais/pedaleiras que simulam esses amps.
Também há casos em que nem chega a fazer diferença ter um amp ou um som direto (o guitarrista, por exemplo, não exige isso, sei lá).
Mas o essencial é saber o que é necessário e o que pode ser feito (e a que custo). Por exemplo: se não for necessário um timbre "prodigioso" de guitarra, e obter um amp e microfoná-lo dá trabalho demais, a ponto de atrapalhar, não tem pq fazer esse esforço!
Por outro lado, se a aplicação requer isso, e vc tem como atender a essa demanda com qualidade, então é caso p/ fazer.
Entende?
EDIT: Um acréscimo/esclarecimento ao que eu disse: quando digo que em geral o amp microfonado soa melhor, não é nada técnico, mas sim subjetivo. Quero dizer que a forma como os amps (normalmente valvulados, ou os simuladores - tipo os Line 6) "modelam" o som da guitarra em geral faz deles a escolha preferida (pelo menos dos guitarristas); me refiro aqui apenas ao timbre final do instrumento. Do ponto de vista técnico, tanto faz (com as devidas ressalvas, claro) instrumento + DI ou instrumento + amp microfonado.
Abraço!