Lucas:
Falando sobre as caixas: pelo tamanho da igreja, te recomendaria duas caixas amplificadas e futuramente a aquisição de sub, tendo em vista um contra-baixo no futuro ou mesmo bateria eletrônica.
As caixas podem ficar fixadas com suporte na parede (bem a frente do palco) ou penduradas uma de cada lado no teto, com certa distância das paredes, com inclinação para o publico (na minha opinião a melhor escolha) ou duas caixas juntas (ou mesmo uma caixa) pendurada(s) no centro sobre o palco (utilizamos quando existe muita reverberação no local) o que te daria um som mono. Eu, particularmente, prefiro trabalhar com o som stereo.
Existem vários postes sobre caixas e marcas, verifique o quanto vocês pretendem gastar para tomar a decisão.
Outros aspectos, como retorno para o palco, uso de fones, bateria eletrônica ou digital, estude para tomar uma decisão. Converse com os músicos também. Quanto ao uso de cubos ou fones, é sempre melhor evitar volume alto no palco vazando para o publico, além de dar maior controle para o operador de áudio. Como o local é pequeno, recomendaria utilizar tudo na mesa de som e trabalhar no palco com fones, deixando uma caixa de retorno para referência de grupo de danças, pessoas cantando com play back e do pregador.
Se você tiver alguma pergunta mais especifica, post para podermos te orientar.
E muito importante nesta fase do projeto contratar um profissional, pois o barato no início pode sair caro no final. no entanto, procure adquirir o máximo de conhecimento antes de contratar o profissional, para saber bem o que você quer e também para não ter "surpresas" com relação a qualidade do trabalho executado.
Com relação ao projeto, te recomendei passar o multi cabo por baixo do piso, no entanto, caso vocês tenham necessidade de modificar algo no futuro, seria difícil fazer outro "buraco" no piso para passagem do multi cabo, sem contar que inicialmente o espaço inicial para passagem dos cabos seja suficiente, mas no futuro, com possível gravação de áudio ou vídeo e espaço possa ser insuficiente.
Vi recentemente utilizarem canaletas entre o teto e o forro e achei muito bom e bem mais organizado de se trabalhar, até porque, em uma futura necessidade de se passar mais cabos, fica muito facil fazer isso.
Pensando desta forma, verifique a possibilidade de subir até o teto a divisória que fica atrás do operador de audio, para que os cabos possam ser levados até o teto e dali para o palco e caixas de som. (pense em tudo antes, para evitar no futuro ficar quebrando paredes e fazendo conduítes para passagem de fios.