O seu sinal provavelmente é estéreo, então daria diferença sim. Se você for usar uma caixa, liga no L e R dela. Se for usar as duas pra obter o efeito estéreo, pode ligar L em uma e R em outra. Se não se importar com estéreo, ligue no L e R de uma das caixas e use a saída dela para conectar à outra caixa. Nesse caso as duas caixas vão reproduzir a mesma coisa.