Olá Jefferson, seja bem vindo.
Existem diferenças sim. São inúmeras, dava um livro inteiro. Entretanto, podemos citar entre as principais:
1) Falantes automotivos tem impedância de 4 Ohms, enquanto falantes de PA tem impedância de 8 Ohms. A impedância "dita" quantos falantes você pode ligar por canal de amplificador. Enquanto em um carro normal (esse "tunados" são exceção) não há mais que 4 falantes (dois dianteiros e dois traseiros), os sistemas de PA podem ser utilizados com muito mais caixas, dependendo da configuração.
Na prática, tendo na igreja um amplificador que suporta no mínimo 4 Ohms (o mais comum), você no máximo poderia ligar 2 caixas nesse amplificador. É possível ligar mais caixas, mas perdendo potência. Caixas de 8 Ohms permitem configurações mais "maleáveis", por isso são mais utilizadas.
2) Falantes automotivos são feitos para aguentar muito mais Sol e calor (imagine um carro preto deixado por horas no Sol). Se por um lado isso é bom, por outro lado você estará pagando mais por algo que não vai precisar dentro de uma igreja.
3) Pelo fato de serem construídos para aguentar mais Sol e calor, falantes automotivos costumeiramente tem sensibilidades mais baixas, em torno de 85 a 92dB/1W/1m. Baixa sensibilidade não é problema dentro de um carro, visto que os ocupantes estão muito próximos dos falantes.
Já falantes para PA tem sensibilidades entre 93dB/1W/1m a até 102 dB/1W/1m. Ou seja, aproveitam muito melhor a potência disponível dos falantes. Isso é uma GRANDE diferença.
4) Falantes automotivos coaxiais, triaxiais, quadriaxiais, pentaaxiais que tem em uma única carcaça 2, 3, 4 ou até 5 falantes, não suportam altos níveis de pressão sonora . Não aguentam muita potência RMS, logo, não são adequados para sonorização ao vivo. Lembrando que, em termos "normais", um amplificador de 30W RMS/canal em um carro é mais que suficiente. Para PA ...
Mas caixa é caixa. O resultado auditivo tem que te agradar. Se lhe agradar, nada impede que você as use. Mas se você ainda não comprou os falantes, não te recomendo. Se você já comprou e não tem como trocá-los, vá usando, não há problema.
Um abraço,
Fernando
