Miranda,
Esse tema deve ter sido conversado em algum tópico, você fez uma pesquisa?
Não tem muito isso de "é melhor". São situações diferentes. Se você quiser processar apenas um canal, use o insert. Caso contrário, no L/R. O mais comum é para alinhar o sistema, então no master. Mas nada impede de você usar só num canal. Pode até ter as duas situações, um EQ insertado, e outro EQ no L/R. Avalie bem as diferenças das duas situações, reflita, e tome uma boa decisão. O que você acha?