Já tive um caso extremo em que desmontei a caixa, parafusei-a no chão por dentro e pronto, meus problemas acabaram!
Mas sim, podem ficar em cima, no alto, direcionadas para o ouvido do músico. Se não reclamarem que ficou feio, o resultado sonoro da caixa em cima pode até ser melhor que no chão, onde em geral os retornos ficam direcionados para a perna ou outra parte do corpo, menos para os ouvidos.
Problema apenas se for usada com quem canta. O usuário tem sempre que usar o mic de costas para a caixa. Com a caixa no chão, costuma-se usar o mic em ângulo de 45º para baixo (mais natural), com a caixa em cima tem que usar 45º para cima!
Leia o artigo "Microfonia: como controlar este incômodo" e vai entender melhor sobre mics x retornos.
Mas eu não faria isso se a distância entre os músicos e as caixas de retorno for aumentar (que é o normal, você tem que escolher lugar no teto onde não fique feio). Se isso acontecer, pela "Lei do Inversos dos Quadrados" o volume vai diminuir, os músicos vão reclamar e aí o problema vai ser maior que antes.
Um abraço,
Fernando